這些油墨及其清洗用的廢水以簡單地排放到下水道的數量作為其消耗量是個誤解。不同的地區的法規對工業設備產生的廢水做了規定。根據什么系統流出的廢水確定適用什么法規和限制。
與水基油墨有關的廢水是顏色的污染（顏料和染料）、連結料（堿性溶解物、乳劑或膠狀分散的化學藥品）、輔助溶劑（酒精）和填加劑（蠟、增塑劑）。帶顏色的廢水也可會成為美學問題。這通常是某種化學藥品和顏料超過該地區和環境下最大排放允許量的質量問題。
要直接將水排放到環境中，工廠必須有可允許的污染物質的排放的許可。這個許可稱為國家污染物排放系統（NPDES），有時是州立的污水排放系統（SPDES）。這些許可對污水允許排放的程度有非常嚴格的限制，并要監測排放的污水，定期測試水的受體，保持和報告所做的記錄。
設計曝化的系統只能處理衛生廢水。工業廢水不能排放到曝化池或曝化系統中。將工業廢水排放到曝化系統中可導致地下水污染，還需要高成本的清潔。在只能依賴于曝化系統處理廢水的地區，廢水處理并不是所需的選項。在一些非常嚴格的區域，處理過的工業廢水不能排放到曝化系統中。
排放到公共的污水處理廠（簡稱POTW）是印刷廠的廢水處理方案。一些污水處理場需要所有企業排放處理過的廢水，以達到當地的排放許可，有的地方要有根據當地法規讓污水處理廠接受印刷廢水的協議。排放到污水處理廠的廢水應該遵守當地的法規或是設備的允許限制。
柔性版印刷車間大多位于用水和排水不緊張的城市，在鄉下的一般就沒有這些規定了。工業化在許多城市地區拉寬了處理的限制和污水處理廠的能力。不過，不管印刷廠要把污水排放到什么類型的系統，最好還是把大量廢水在第一場所進行處理。
宣城印刷油墨廢氣處理設備 藍陽自產自銷使用水基油墨的柔性版印刷廠處理生產后的廢水的最實際的方法是：
·用連續的或批處理的工藝處理進行化學分離。在調整pH值后，固體（顏料和樹脂）通過絮凝沉淀成軟泥。然后用紙過濾將軟泥與水分開，進行脫水再丟棄。如有過濾的壓力機可進一步除去水分，再丟棄脫水后的泥塊。
·連續的排放處理是類似于上面所述的化學分離工藝。
·微過濾、超濾、毫微波和反向滲透。這個過程就像是哺乳動物的腎。將廢水通過有機的膜和無機的膜，每小時可處理0.1到5000升水。這個過程基本上能將水（或任何具有相同分子量或更小分子量的物質）除去。用后膜碳過濾裝置除去氨。這種處理方法在膜上不必花費二次處理的成本。干凈的水可用于其他領域（例如作為生產的一部分）。
·使用活性的棕碳進行生物吸收處理；用部分流量或全部流時進行脫鹽和碳的重新活性化（加上斜坡反應器、漂浮、過濾、軟化、反向滲透、旋轉滾筒表面等）。
·氧化技術，通過分子化系統提供氧化和臭氧/紫外線氧化。
要處理的廢水的質量和數量通常確定了在某個生產場合選用何種方法。對于幾乎所有產生廢水的柔性版生產廠家，化學分離比較合適，較不昂貴的中短期的減少廢水或根本沒有廢水問題的方案。從帶式過濾器走處理要根據廢水處理的數量和質量來選擇，所處理的水的質量由當地排放的限制所決定，也由印刷廠是否計劃重新使用這些水來清潔或用于其他目的來決定。
很多印刷廠選擇只處理它們的廢水處理，而將廢墨處理作為廢物管理的另一部分時，也有一些廠子選擇直接將廢墨直接加入廢水中。這一般會增加水中懸浮物的數量，需要更有效的、更昂貴的方法來處理在化學處理中產生的污泥。最后，會有更多的廢水需要進行處理。
雖然許多公司已經提供了簡單地過濾方式作為處理廢水、除去固體物和一些顏色的方法，但是大多數廢水是柔版印刷和清洗時由油墨、水和清洗液產生的乳化液。要有效地處理這種廢水要先通過化學分離打破乳化液，然后用物理方式過濾所產生的物質。
有不少化學藥品可用來打破這種乳化液，然后進行下列處理：
·中性化——調整PH值，使其回到中性的范圍。
·吸收——從水中吸收所選擇的化學藥品和懸浮的固體。
·凝結——在凝聚中不斷積累。
·掩埋——無毒害的工業垃圾掩埋法處理化學物質的固態物。
·物理的過濾——使用帶式過濾器或過濾器在廢水超過這個范圍時最好要進行預處理監測和調整pH值，才能經得起藥劑的有效的性能。可能需要先調整排放污水的pH值才能排放，以滿足排放的標準。
水似乎是廉價的，可隨意取得和使用。如果把水的獲取、使用和處理的整個成本*考慮進來，通常會發現水是多么的昂貴。從市政系統得到的水的成本每百萬加侖為125美元，得到的水每百萬加侖1000美元。水的處理（或是污水排放）的成本為每百萬加侖600美元到4000多美元。通過減少水的用量，工廠可減少用水的開支，以及排放的費用。減少水的用量包括減少用量和再循環使用。從環境保護的觀點，這兩種方案里減少用量通常比再循環更好。
確定在何處使用和用多少是很有用的。設計一個工廠用水圖（水使用的流程圖），定期檢查水進多少和出多少，然后找出改善的方法。用這個圖來做出一個保持水用量的程序。最好能在主要使用點安裝水表，按一定時間間隔讀表，用掉的水。根據方方面面的操作，做出一個廠方用水的預算，以便跟蹤和遵守。
培訓廠里的人員，以減少水的使用。通過培訓印刷機操作人員做到以下各點可減少清洗過程中所用水的數量。
·盡可能將油墨回收到容器里。
·*擦凈印刷機部件后再用水清洗。
·（在油墨干燥之前）迅速清洗輸墨裝置可增加清洗效率。
·使用低流量的
·使用限制水流量的設備。
印刷機的清洗可改成下面的三步清洗工藝，目的是使用廢水。
·第一步：大部分油墨用臟水除去。
·第二步：第一步驟所剩下的油墨用較不臟的水清洗。
·第三步：剩下的油墨用清水沖洗。
在第一步所用的水太臟了，不能用了。第二步驟的水可給第一步驟用，第三步驟的水供第二步驟用 ，第三步驟用清水。
有些公司發現經過過濾的廢水如果污染程度不高的，必要時可用來稀釋油墨。